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I - L'autorité et la tradition promeuvent l'erreur
Dans Les Pensées sur la Comète, Pierre Bayle explique : 
- suivre la tradition c'est, selon Pierre Bayle, se mettre au nombre des "sectateurs crédules et paresseux" (p.17 l.9) qui suivent "l'autorité de deux ou trois personnes (...) ayant débité une doctrine" (l.4)
- quant à l'autorité des savants, elle est "une aussi méchante caution que le peuple" (l.23), car rien ne prouve que "ce grand Docteur qui avance quelque doctrine a apporté plus de façon à s'en convaincre qu'un ignorant". 

II - Même si la vérité absolue n'est pas tangible, il vaut mieux chercher la vérité en conscience
Dans son Commentaire philosophique, Pierre Bayle dit :
- "Il est impossible (...) de connaître certainement que la vérité qui nous paraît (...) est la vérité absolue" (l.1-5); 
- cependant "Dieu se contente d'exiger de [l'homme] qu'il cherche la vérité le plus soigneusement qu'il pourra" (l.18-19)

III - Le libre examen signifie que chacun cherche par lui-même
- p.17 l.29-31 "il est certain que le témoignage d'un homme ne doit avoir de force qu'à proportion du degré de certitude qu'il s'est acquis en s'instruisant pleinement du fait" 
- p.22 l.24-24 "il est de la porté de chaque particulier (...) de donner un sens à ce qu'il lit ou à ce qu'on lui dit, et de sentir que ce sens est véritable"